Com a revolta mexicana, que culminou com a independência do México em 1821, a presença espanhola na América do Norte chegou ao fim.
Em 1824, a expansão do sistema de Missão foi interrompida. As missões foram secularizadas em 1833, pondo fim a um capítulo crítico na história da Califórnia (a maioria das missões foi posteriormente devolvida à Igreja Católica).
Durante um curto período – pouco mais de 50 anos – os espanhóis trouxeram uma nova cultura para a Califórnia, espalhando a religião européia, práticas agrícolas e, eventualmente, formas de governo. Juntas, as missões realizaram mais de 87.000 batismos e 24.000 casamentos.
Infelizmente, as doenças européias, transportadas pelos colonos, mataram milhares de índios da Califórnia. Isto, junto com as vitórias militares dos espanhóis sobre os nativos, estabeleceu o profissao digital funciona o domínio permanente da civilização européia.
Os assentamentos em torno das missões tornaram-se as sementes das principais cidades da Califórnia moderna. A trilha que liga as missões, El Camino Real , se tornou a primeira rodovia da Califórnia, e sua rota é seguida de perto pela moderna Highway 101.
Os projetos das missões ainda influenciam a arquitetura californiana. Em um sentido muito real, a Califórnia como a conhecemos hoje não existiria sem a fundação das missões.
